深層意識の中でモモの覚醒に成功したシオン達。
しかしその時を予測し罠を張っていた
アルベドによってＹ資料を奪われてしまう。
驚喜したアルベドはＹ資料を使い、
アビスに封印された旧ミルチアを復活させる。
そして、この事象をきっかけに
移民船団と連邦政府により旧ミルチアに眠る
オリジナルゾハルの争奪戦が開始される。
星団全域に戒厳令が敷かれるほどの混乱の中
曙光に戻ったシオンは、何を思うのか？
曙光の自室で眠るシオン。
シオンは夢の中でフェブロニアに、
ゾハルと共に旧ミルチアに眠る二人の妹
セシリーとキャスを救って欲しいと懇願される。
そして、再びシオンの前に姿を現すネピリム。
彼女もまたシオンの旧ミルチア行きを予言する。
まるで導かれるように出発を決意するシオン。
しかし、この戒厳令の中どうやって？
シオンはこの曙光に
ケビンが開発した航宙機があることを思い出す。
正体不明の敵との戦闘で
窮地に立たされたシオンとアレン。
彼らを救ったのは新型筐体への換装を終え、
新しく生まれ変わったKOS-MOSと
彼女が搭乗する純白の機体、E.S.ディナだった。
その威力はすさまじく、
瞬く間に敵勢力を殲滅させてしまう。
そして束の間の静寂を破り
改装を受けた新型エルザがゲートアウトしてくる。
シオン達は再びエルザの面々と合流を果たす。
エルザと合流したシオンとKOS-MOS、そしてアレン。
Ｊｒ．達もヘルマーの要請を受け
ゾハル奪取の為、旧ミルチアを目指していた。
シオン達もエルザに相乗りさせてもらう事に。
どうやら皆、目的は違えど行き先は旧ミルチアらしい。
危険をおして最短ルートを進むエルザ。
そのルート上、二重ブラックホールの間に
移民船団の機動要塞が立ちふさがる。
シオン達は正面突破を敢行。
要塞の内部に侵入、破壊する作戦を決行する。
旧ミルチアへ向かうエルザの前に
立ちふさがった移民船団の巨大な機動要塞。
シオン達は要塞への侵入作戦を敢行し、
内部から崩壊させることに成功する。
ブラックホールに引きずり込まれてゆく機動要塞から
脱出を試みるシオン達。
だが直前の戦闘での無理がたたり、
エルザは航行不能になっていた。
徐々にブラックホールに飲まれていくエルザ。
その危機を救ったのはデュランダルだった。
移民船団の防衛網を突破し
遂に旧ミルチアへの降下を果たすエルザ。
Ｊｒ．はオリジナルゾハルの確保、
ジンはカナンに預けた機密データの解析、
シオンはゾハルと共に眠るセシリー、キャスの救出。
それぞれの思惑を胸に、U-TIC機関中央タワー
『ラビュリントス』へ向かう決意を固める面々。
ゾハルは今もなお、その施設の奥底に眠っている。
蘇る十四年前の忌まわしき記憶に身震いしながらも
一行は水没した都市に足を踏み入れる。
ラビュリントスの最深部でシオン達が見たものは
ウ・ドゥ、そしてゾハルと一体に繋がれ、システムの
一部と化したセシリーとキャスの姿だった。
驚愕し、言葉を失うシオン。
そこへ現れた移民船団の教皇はウ・ドゥを稼働させる。
ゾハルの共鳴、そしてその力を得て
起動を開始するプロトオメガ。断腸の思いで
KOS-MOSにシステムの破壊を命ずるシオン。
しかしプロトオメガを止める事は出来ず、ついに
旧ミルチアを破壊し、オメガシステムが浮上する。
プロトオメガを倒す為オメガシステムへ
侵入したシオン達。その最深部で再び教皇と対峙する。
そこへ突如出現するアルベド。
アルベドはウ・ドゥとの接触を果たそうとするが、
プロトオメガの圧倒的な力により
消滅させられてしまう。アルベドの消滅を
目の当たりにし、激昂するＪｒ．。そんな彼の前に
現れる謎の外套者「テスタメント」。彼らは教皇と
プロトオメガを消去し、アルベドを蘇らせる。
復活したアルベドはウ・ドゥと接触を果たし、
ついにアルベドの望みが叶えられる事となる。
ゲームクリア後
これからオメガシステムに行かなきゃいけないってのに
またハカセがワケのわからん事を言い出した。
ハカセに良く似た赤の他人、ブラックハカセと
巨大ロボ・ブラックエルデカイザーを倒してくれって？
本人は私欲の為じゃないって言うけどどうなんだろう。
今は全宇宙の大ピンチ！それどころじゃないのになぁ。
それにしてもブラックハカセの行方も分からないって、
本当にリサーチしているの？ハカセ？
まあ、他ならぬハカセの頼み、やってみますか。
さて、どうなることやら．．．。