ゲーム再開したときに表示される「これまでのあらすじ」、たぶん全部。
T.C.4753 十四年前、旧ミルチア。
ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
その作戦の目的はU.R.T.V.と呼ばれる
生体兵器たちを保護することだった。
対U-TIC機関兵器への決定的な切り札U.R.T.V.。
ゾハルのエネルギーを無効化できる彼らは
同時にゾハルの暴走を誘発してしまう可能性が
あるという大きな危険をはらんでいた。
最悪の事態を未然に防ぐべく
二人が操るE.S.アシェルが瓦礫の街を進む。
T.C.4753 十四年前、旧ミルチア。
ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
その作戦の目的はU.R.T.V.と呼ばれる
生体兵器たちを保護するといったものだった。
作戦も半ば、瓦礫の街を進む二人の前に
突如として巨大な光の柱が立ち上がる。
そして鳴り響く怪しげな歌、ネピリムの歌声。
歌声に錯乱した味方の攻撃を受け苦戦する二人。
その危機を救ったのはジンという名の黒髪の男だった。
三人はしばらくの間同行することにする。
T.C.4753 十四年前、旧ミルチア。
ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
作戦も半ば二人は単身で暴徒と戦う黒髪の男
ジン・ウヅキと出会い、しばらくの間同行することに。
目的地へ向かう道中、一行はジンの上官である
マーグリスと戦うことになる。
マーグリスに手傷を負わせたジンだったが
しかし自分自身も傷を受けてしまう。
ジンは自らが入手した極秘データをカナンに託し、
その場を去る。
T.C.4767 現在。
幾多の試練を乗り越え、
遂に第二ミルチアの大地に降り立ったシオン達。
各々の目的を果たす為、面々はスペースポートにて
ひとまず別れることに。
シオンはアレンと共にKOS-MOSを引き渡しに
ヴェクター開発二局へ。
Ｊｒ．とジギーは、モモに封印されたＹ資料の
解析のため、ヘルマーのいる市庁舎へ向かう事に。
ケイオスもＪｒ．達に同行することにする。
第二ミルチアのスペースポートでシオンと
別れたＪｒ．は、モモに封印されたＹ資料の解析の為、
ジギー、ケイオスと共にヘルマーの元へ向かう。
しかし道中のハイウェイにて突如現れた
謎の組織の機動兵器に強襲される。
必死で応戦するＪｒ．達であったが
次第に不利な局面に追い込まれてしまう。
一行はＪｒ．の判断により、
反撃のチャンスを掴むべくポイント２０８９、
第二ミルチア防御基地へ急ぐことに。
ヴェクター開発二局に無事
KOS-MOSを引き渡したシオンとアレン。
ここでかつてケビンが設計したという新装備が
KOS-MOSに施されることになるという。
しかしそれはあまりにも強力な
対グノーシス用の特殊兵装だった。
上層部は新たなグノーシスの出現を想定しているのか？
漠然とした不安に駆られるシオン。
二局を後にしたシオンは久しぶりに
第二ミルチアの街へ足を向けてみることにする。
ヴェクター二局を後にしたシオンは当てもなく
立ち寄った第二ミルチアの街中で昔のなじみの店
「モビィディック・カフェ」を見つける。
偶然やってきたＪｒ．、ケイオスと共に
つかの間の団欒を楽しむシオン。
しかし、そこにシオンの実兄であるジンが現れる。
どうやらシオンは兄が苦手らしい。
久しぶりに実家に立ち寄れというジン。
気の向かないシオンであったが
渋々帰省する事にする。
シオンはぶらりと立ち寄った街中のカフェで
実の兄ジンと思わぬ再会を果たす。
ジンに促され、しぶしぶ帰省することにした
シオンだが、実家でも二人の会話はかみ合わず、
互いの気持ちはすれ違ってしまう。
シオンは十四年前の事件以来ジンを許せずにいたのだ。
一夜が明けシオンはKOS-MOSの新装備の調整に
立ち会うべくヴェクター二局へ、
ケイオスはモモの解析に立ち会うべく
U.M.N.管理センターへ向かった。
モモに封印されたヨアキムの遺産、Ｙ資料。
その解析作業中、予期せぬトラブルが発生する。
アルベドが仕掛けたトラップが発動し、
外部への流出を始めるＹ資料。
即座に神経回路を断ち、資料の流出を防ごうとした
モモだったが、同時に自らの精神も半壊させてしまう。
必死に蘇生を試みたユリにより一命を取り留めるが
モモは神経ネットワークに大ダメージを受けてしまう。
モモを救う為にヘルマーはヴェクターに協力を要請、
これを受けたシオンはU.M.N.管理センターへ向かった。
モモに封印されたヨアキムの遺産、Ｙ資料。
その解析作業中、予期せぬトラブルが発生する。
アルベドの罠により資料が流出を始めてしまったのだ。
即座に神経回路を断ち、資料の流出を防ごうとした
モモだったが、同時に自らの精神も半壊させてしまう。
必死に蘇生を試みたユリにより一命を取り留めるが
モモは神経ネットワークに大ダメージを受けてしまう。
モモを救う為にヘルマーはヴェクターに協力を要請、
これを受け、駆けつけたシオンはＪｒ．、ケイオス、
ジギーと共にモモの脳内にダイブするのだった。
モモの脳内にダイブしたシオン達。
たどり着いた先はユーリエフ・インスティテュートと
呼ばれるU.R.T.V.の養成施設だった。
そこで彼らが見たものは、研究施設の被験者で
モモのモデルとなったユリの娘サクラと、
厳しい訓練づけの日々を送る幼き日の
Ｊｒ．（ルベド）、ガイナン（ニグレド）、
アルベドの姿だった。
ある日のミッションでルベド達三人はサクラの
深層意識下へダイブすることになる。
ある日のミッションでルベド（Ｊｒ．）、アルベド、
ニグレド（ガイナン）は、
被験者サクラの深層意識下へダイブする。
だが、そのミッション中に
仲間のU.R.T.V.標準体がウ・ドゥの波動に汚染され、
モンスターと化してしまう。
三人はこれと対峙し、その呪縛をとき払うのだが、
アルベドは倒れている標準体に対して、狂気じみた
追い打ちをかけるのだった。
必死にアルベドを制止するルベド。
この時ルベドはアルベドに潜む異常性を確認する。
深層意識の奥底で、モモを覚醒させることに
成功したシオン達。
しかしその時を予測し罠を張っていた
アルベドによってＹ資料を奪われてしまう。
驚喜したアルベドは、手に入れたＹ資料を使い、
アビスにより封印された旧ミルチアを復活させる。
満足気な表情を浮かべ、
シメオンと共に消滅していくアルベド。
Ｊｒ．は右胸を押さえてうずくまる。
彼は直感的にアルベドの異変を感じるのだった。